Stegosaurus bedeutet „Dachechse“, denn bei den ersten Fossilfunden glaubten Wissenschaftler, dass die 17 Platten waagerecht wie die Ziegel auf einem Dach angeordnet waren. Tatsächlich waren diese Platten jedoch vertikal angeordnet. Da sie gut durchblutet waren, wird vermutet, dass sie eine Rolle bei der Thermoregulation spielten und sich schnell rot färben konnten. Nach anderen Hypothesen könnten sie der Balz oder Verteidigung gedient haben. Bei einigen heutigen Tierarten werden Auswüchse, die sich rot färben können, genutzt, um das Weibchen anzulocken und/oder Fressfeinde zu erschrecken.
Die vier knöchernen Stacheln von 0,6 bis 1 Meter Länge am Schwanzende dienten als Verteidigungswaffen.
Ein zweites Gehirn?
Bei den ersten Fossilfunden ließ eine Höhle im Bereich des Beckens vermuten, dass er ein zweites Gehirn besaß. Tatsächlich beherbergte diese Höhlung ein Nervenzentrum zur Koordination des hinteren Körperbereichs. Eine andere Hypothese besagt, dass diese Höhlung ein Glykogen-Depot für den Körper war.