Leider gilt der Fossa als bedrohte Art. Er ist von der Internationalen Union für die Erhaltung der Natur als „gefährdet“ eingestuft. Die Anzahl der Individuen ist in den letzten Jahrzehnten stark zurückgegangen. Die Jagd stellt in manchen Regionen einen erheblichen Druck dar, in denen mehr als die Hälfte der Dörfer angegeben haben, Fossa verzehrt zu haben. Einige Körperteile werden in der traditionellen Medizin verwendet. Mitunter wird ihm vorgeworfen, Vieh anzugreifen, insbesondere Hühner, und er setzt sich dadurch Vergeltungsmaßnahmen aus. In manchen Dörfern steht der Fossa unter Tabuschutz (fady auf Madagassisch). Einen Fossa zu töten, bringe laut diesem Glauben Unglück. Außerdem gibt es einen Konflikt zwischen nationaler und lokaler Gesetzgebung. Seit dem Staatsstreich im Jahr 2009 und der politischen Instabilität ist die Nachfrage nach Buschfleisch gestiegen und mehr Fossas wurden getötet.
Wie viele Arten Madagaskars ist er empfindlich gegenüber Entwaldung und Zerstückelung seines Lebensraums. Die Nachfrage nach exotischem Holz bleibt hoch. Die Insel hat seit 1950 fast 50% ihrer Wälder verloren. Flächen werden abgebrannt, um Ackerland zu schaffen und so dem Bevölkerungswachstum Madagaskars zu begegnen.
Die Einführung von Katzen und Hunden hat die Nahrungsmittelkonkurrenz mit dem Fossa verstärkt. Sie können ihm außerdem Milzbrand und andere Krankheiten übertragen, die für ihn tödlich sein können.
Madagaskar ist eines der Biodiversitäts-Hotspots der Welt. Dieses Ökosystem ist zerbrechlich und einzigartig durch seinen hohen Endemismus. Der Schutz des Fossa und seines Lebensraums ist wichtig, da er eine sogenannte Schirmart ist. Davon profitieren auch zahlreiche weniger bekannte Arten.
Der Fossa ist Teil eines europäischen Zuchtprogramms, das vom Zoo Duisburg in Deutschland koordiniert wird. Das Ziel ist eine langfristig stabile Population in Gefangenschaft mit einer hohen genetischen Vielfalt, falls eine Wiederauswilderung notwendig werden sollte. Sie sind außerdem großartige Botschafter für ihre wilden Verwandten.