Viele Bedrohungen haben die Bestände der Europäischen Sumpfschildkröte beeinträchtigt und beeinträchtigen sie auch heute noch. Neben der Verschmutzung bleibt die Hauptbedrohung die Zerstörung von Feuchtgebieten. Die Trockenlegung für Urbanisierung und Landwirtschaft führt zu einer Verringerung des Lebensraums und zur Zerstückelung des Gebiets, was den Rückgang der Population der Europäischen Sumpfschildkröte verursacht. Fischreusen, die im 19. Jahrhundert in Fließgewässern aufgestellt wurden und Sumpfschildkröten fingen, was zu ihrem Tod durch Ertrinken führte, haben maßgeblich zum Rückgang der Population in Frankreich, Spanien und Portugal beigetragen. Zudem werden trotz Schutz dieser Art noch immer zahlreiche Tiere entnommen.
Die Europäische Sumpfschildkröte hat auch unter der Konkurrenz der Rotwangenschmuckschildkröte gelitten, die vom Menschen in ihren natürlichen Lebensraum eingeführt wurde. Diese amerikanische Schildkröte, die in den 1980er Jahren massenhaft in Zoohandlungen verkauft wurde, erwies sich als sehr sperrig und wurde in großer Zahl in die Natur entlassen, wo sie sich hervorragend angepasst hat. Allerdings haben die Europäische Sumpfschildkröte und die Rotwangenschmuckschildkröte dieselbe ökologische Nische, das heißt, sie bewohnen die gleichen Lebensräume, haben einen ähnlichen Lebenszyklus und fressen die gleichen Nahrungsressourcen. Die Rotwangenschmuckschildkröte, die größer, schwerer und aggressiver als die Europäische Sumpfschildkröte ist, hat sich jedoch durchgesetzt. Darüber hinaus legt die Rotwangenschmuckschildkröte ihre Eier in ein tieferes Loch als die Europäische Sumpfschildkröte, was bedeutet, dass sie die Eier der Europäischen Sumpfschildkröte ausgräbt, wenn sie ihre eigenen legt.
Die Europäische Sumpfschildkröte profitiert von einem nationalen Aktionsplan und ist in Frankreich und Europa geschützt. Es gibt Programme zur Wiedereinführung der Sumpfschildkröte.