Wie alle Reptilien ist das Nilkrokodil ein ektothermes Tier. Das bedeutet, dass es keine eigene Wärme produziert und nicht in der Lage ist, diese ohne Hilfe der äußeren Umgebung zu regulieren. Um sich aufzuwärmen, setzt es sich den Sonnenstrahlen aus, und umgekehrt taucht es ins Wasser ein, um eine Überhitzung zu vermeiden. Dieses kleine Schauspiel ermöglicht es, eine Körpertemperatur zwischen 19 und 29°C aufrechtzuerhalten. Es handelt sich um sehr wenig aktive Tiere, die mehr als ein Viertel des Tages mit geöffnetem Maul an den Ufern verbringen, um sich aufzuwärmen.
Wenn die sommerlichen Bedingungen keine Temperaturregulierung mehr zulassen, hält das Nilkrokodil Sommerruhe. Es gräbt einen 3 Meter langen und 2 Meter tiefen Tunnel, in dem es sich eingräbt, um in einen physiologischen Zustand der Halblethargie zu verfallen, der das Überleben ermöglicht.
Auch wenn es normalerweise nur wenige Minuten unter Wasser bleibt, ist das Nilkrokodil ein ausgezeichneter Apnoetaucher, der bis zu 30 Minuten ohne Atmen unter Wasser bleiben kann. Bleibt es vollständig unbeweglich, kann es sogar bis zu 2 Stunden unter Wasser verweilen! Möglich ist dies durch eine große Toleranz des Organismus gegenüber hohen Konzentrationen von Milchsäure, einer chemischen Verbindung, die vom Körper bei Anstrengung oder beim Apnoetauchen produziert wird.
Sie sind Einzelgänger unter den Reptilien, die jedoch auf denselben Ufern koexistieren können. Sie kommunizieren miteinander durch zahlreiche Laute, wie zum Beispiel Muhen. Es besteht eine mutualistische Beziehung zwischen dem Nilkrokodil und dem Krokodilwächter, einem kleinen Vogel von etwa 20 cm Größe mit grauem Gefieder auf dem Rücken, weißem Bauch und schwarzem Kopf. Das bedeutet, dass es sich um eine für beide Individuen vorteilhafte, aber nicht zwingend notwendige Interaktion handelt. Beide können auf diese Beziehung verzichten. Diese Vögel picken tatsächlich Nahrungsreste aus dem Maul des Krokodils sowie Blutegel, die an seinem Körper haften. Diese Beziehung bringt dem Vogel Nahrung und dem Reptil Pflege. Außerdem begnügen sich einige Krokodilwächter damit, in der Nähe der Krokodile zu nisten, um von ihrer Anwesenheit zu profitieren und potenzielle Raubtiere zu vertreiben. Diese Vögel dienen auch dazu, vor Gefahren wie der Annäherung eines Menschen oder eines Löwen zu warnen.