Bei den Tüpfelhyänen herrscht ein polygynes Paarungssystem, das bedeutet, dass ein Männchen sich mit mehreren Weibchen paaren kann, während ein Weibchen sich nur mit einem Männchen fortpflanzt.
Da die Weibchen dominant sind, müssen die Männchen eine Art Unterwerfungsritual vollziehen, um die Gunst der Weibchen zu gewinnen und sich fortpflanzen zu können. Aufgrund der besonderen Anatomie des weiblichen Fortpflanzungsorgans ist der Geschlechtsakt nicht einfach. Die Männchen müssen ihr Becken unter das Weibchen schieben, um die Penetration zu beginnen. Anschließend besteigt das Männchen das Weibchen in einer konventionelleren Position.
Innerhalb eines Clans können sich alle Weibchen fortpflanzen. Allerdings pflanzen sich hochrangige Weibchen früher fort und haben kürzere Abstände zwischen den Würfen. Außerdem ist die Sterblichkeitsrate der Jungtiere niedriger. Diese Vorteile werden einem privilegierten Zugang zu Nahrungsressourcen zugeschrieben.
Nach einer Trächtigkeit von etwa vier Monaten bringt das Weibchen einen Wurf von ein bis vier Jungen zur Welt. Das Weibchen wirft in einem Bau, der oft von einer anderen Art, wie zum Beispiel dem Warzenschwein, verlassen wurde. Während der Geburt reißt die Klitoris ein und verheilt erst nach einigen Wochen. Bei der Geburt wiegen die Jungen zwischen 1 und 1,6 kg, besitzen ein komplett schwarzes Fell und haben bereits die Augen geöffnet. Kurz nach der Geburt kommt es zu heftigen Kämpfen, die oft den Tod eines Jungtieres zur Folge haben. Zwei bis sechs Wochen nach der Geburt bringt das Weibchen die Jungen in einen Gemeinschaftsbau, der von allen Weibchen des Clans genutzt wird. Dies fördert die Entwicklung der sozialen Verhaltensweisen der Jungen. Es gibt jedoch keine gemeinsame Aufzucht, das bedeutet, jedes Weibchen kümmert sich um ihren eigenen Nachwuchs.
Mit etwa drei Monaten beginnen sie, Fleisch zu fressen, und werden zwischen 14 und 18 Monaten entwöhnt. Sehr ungewöhnlich für Fleischfresser ist, dass die Jungen in diesem Alter bereits alle ihre bleibenden Zähne besitzen. Die Geschlechtsreife wird im Alter von etwa drei Jahren erreicht. Ab dann verlassen die Männchen ihre Geburtsgruppe, um sich einem anderen Clan anzuschließen, während die Weibchen meist bei ihrer Familie bleiben. Weibchen können alle 11 bis 21 Monate einen Wurf bekommen.